يتولى مهمة الإشراف على الصندوق مجلس إدارة مستقل، يضم خبراء محليين و دوليين في الشأن البيئي، وفي وضع السياسات ذات الصلة بالطبيعة وحفظ الأنواع، وهو الجهة التي تقوم بتقييم المشاريع المتقدمة للحصول على المنح وتصدر القرارات بشأنها، اعتمادا على التفاصيل التي يعرضها مقدمو الطلبات في تقاريرهم،
يضطلع مجلس إدارة الصندوق المستقل بمهام عدة، فهو يشرف على جميع جوانب الصندوق، بما في ذلك تطوير الياسات و الإجراءات، ودعم مناصري حفظ الأنواع، و القائمين على مشاريع الحفظ الرائدة، و تقديم المنح المالية للطلبات بعد دراستها، وتقييم ومراجعة تقارير مبادرات و مشاريع الحفظ.
يوفر المجلس حفنة من الخبرات المحلية و العالمية في شتى المجالات سواء على مستوى الحفاظ على البيئة, أو على مستو وضع اللوائح و القوانين المتعلقة بمنهجية عمل الصندوق نفسه
أعضاء مجلس الإدارة الحاليين هم:
صاحب السمو الشيخ / محمد بن زايد آل نهيان, رئيس مجلس الإدارة
- معالي / محمد أحمد البواردي، نائب رئيس مجلس الإدارة
- معالي / ماجد علي المنصوري، عضو مجلس الإدارة
- سعادة / رزان خليفة المبارك، عضو مجلس الإدارة و العضو المنتدب
- الدكتور / فريدريك لونيه ، عضو مجلس الإدارة و المدير العام بالإنابة
- الدكتور / راسل أ. ميتيرمير - ممثل دولي
- الدكتور / مايكل موندر - ممثل دولي